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Le microbiote intestinal, essentiel parmi les microbiotes
Composé de milliards de micro-organismes, les différents microbiotes du corps humain participent à son bon fonctionnement (homéostasie). Parmi eux, le microbiote intestinal se distingue non seulement par sa diversité et sa complexité, mais aussi par son rôle central dans la santé globale de l’organisme.
Le microbiote intestinal joue notamment un rôle primordial dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique.
Son altération participe au développement ou à l’entretien de diverses pathologies et nécessite des actions correctives. En plus de faciliter la digestion, ce microbiote contribue à la protection contre les agents pathogènes, à la production de vitamines essentielles et à la modulation de l’inflammation.
Son altération participe au développement ou à l’entretien de diverses pathologies et nécessite des actions correctives.
Ainsi, un déséquilibre du microbiote intestinal, connu sous le nom de dysbiose, est souvent associé à des maladies chroniques telles que le syndrome de l’intestin irritable, les maladies inflammatoires de l’intestin, et même des troubles métaboliques comme le diabète et l’obésité.
Microbiote des micro-organismes compagnons
Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes non pathogènes (ou commensaux) qui vivent dans un environnement spécifique chez un hôte.Il s’agit d’un véritable écosystème, où la diversité microbienne joue un rôle majeur pour maintenir l’équilibre et la santé de l’hôte.
Il comprend principalement des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des parasites microscopiques.
Le corps humain abrite plusieurs microbiotes, en fonction de la surface colonisée : bouche, peau, poumons, vagin, appareil digestif…
Chacun de ces microbiotes se compose d’environ 400/450 espèces bactériennes différentes (leur nombre varie selon les études), dont un quart seulement communément retrouvé d’un individu à l’autre.
Tout être humain possède donc des signatures microbiotiques personnelles qui lui sont propres, en termes de combinaison d’espèces comme de quantités.Elles sont influencées par des facteurs génétiques, environnementaux et alimentaires.
Formidable richesse du microbiote intestinal
Plus connu sous l’appellation de « flore intestinale», le microbiote intestinal est le plus important de tous les microbiotes. Il joue un rôle central dans l’équilibre global de la santé humaine, intervenant dans de nombreux processus biologiques.
Il est composé en moyenne de 100 000 milliards de micro-organismes (plus que de cellules dans le corps humain) pour un poids moyen de 2 kilos par individu. L’Homme est donc plus bactérien que cellulaire !
L’acidité gastrique de la paroi de l’estomac empêche le développement des micro-organismes. De ce fait, le microbiote intestinal est principalement localisé dans l’intestin grêle et le côlon. Il se répartit à la surface de l’épithélium et comporte principalement des bactéries bénéfiques, aux mécanismes d’actions et aux productions (métabolites) diversifiés. Ces bactéries sont essentielles pour la dégradation des nutriments complexes, la production d’acides gras à chaîne courte (SCFA) bénéfiques, et la prévention de la colonisation par des pathogènes potentiellement dangereux.
Véritable « organe » à part entière, le microbiote intestinal intervient directement dans la digestion et le métabolisme en général :
- facilitation de l’assimilation des nutriments,
- hydrolyse des glucides (amidon, saccharose), de la cellulose et des polysaccharides,
- fermentation des substrats et résidus alimentaires non digestibles,
- régulation de plusieurs voies métaboliques (acides gras, sels minéraux (calcium, magnésium…)),
- synthèse de certaines vitamines (K, B12, B8).
Il joue également de multiples autres rôles au sein de l’organisme, notamment dans les fonctions immunitaires (rôle barrière de la paroi intestinale) et neuro-endocrinologiques, l’intestin est même considéré par certains scientifiques comme le second cerveau de l’Homme. Des recherches récentes suggèrent que le microbiote intestinal influence également la santé mentale, notamment en modulant l’axe intestin-cerveau, ce qui pourrait avoir des implications dans le traitement de troubles tels que la dépression et l’anxiété. [1]
De ce fait, certains scientifiques perçoivent l’hôte et son microbiote intestinal comme un « superorganisme ».
Un milieu évolutif, sensible aux attaques extérieures
Le microbiote est un écosystème unique et propre à chaque individu. Il est formé dès la naissance, au contact de la flore vaginale lors d’un accouchement par voie basse ou après badigeonnage du bébé par les germes maternels lors d’une césarienne. Cette première colonisation est essentielle car elle pose les bases du microbiote intestinal, influençant la santé de l’individu tout au long de sa vie.
Sous l’influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d’hygiène, des traitements médicaux et de l’environnement, sa composition évolue quantitativement et qualitativement pendant les premières années de vie, avant de se stabiliser.
Divers événements peuvent toutefois perturber cet équilibre : stress, maladie, infection virale, bactérienne ou parasitaire, traitement médicamenteux (antibiotiques en particulier), déficit immunitaire, modification de régime alimentaire …
Cette altération qualitative et fonctionnelle du microbiote est à l’origine d’un déséquilibre de l’écosystème appelé dysbiose et représente un périmètre de recherche riche pour comprendre l’origine de certaines maladies, en particulier inflammatoires et immunitaires.
Rééquilibrer le microbiote
La lutte contre les dysbioses intestinales repose principalement sur l’apport de solutions naturelles.
- Souvent, une première étape d’assainissement de l’intestin est nécessaire par un anti-infectieux naturel puissant associé à une solution enzymatique d’amélioration de la digestion.
- Dans une seconde étape, si la muqueuse intestinale est devenue poreuse ou perméable, il est préférable de la renforcer par une supplémentation adéquate notamment en L-glutamine.
- Le rééquilibre du microbiote s’opère avec l’apport de microbiotiques (probiotique en pharmacologie). Il est parfois associé à des prébiotiques si l’alimentation naturelle en fibres de l’individu n’est pas suffisante.
Les microbiotiques sont des micro-organismes vivants bénéfiques à la santé de l’homme, tandis que les prébiotiques sont des substrats favorisant la croissance de ces « bons » microbes. Leur association dans une même formule est appelée symbiotique.
En parallèle, il est conseillé d’adopter une bonne hygiène de vie : réduction/arrêt de la consommation de tabac et d’alcool, pratique d’une activité physique régulière, ainsi qu’une alimentation riche en fibres et produits fermentés, sources de prébiotiques.
Pour les cas extrêmes, des transplantations fécales (implantation par voie naturelle d’un microbiote sain) peuvent être prescrites.
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Les micro-organismes qui vivent dans l’intestin vivent principalement dans les vilosités de la paroi intestinale. C’est pourquoi la prise de probiotiques, pour être beaucoup plus efficace, doit se faire après la consolidation de la muqueuse intestinale.
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Caractériser les microbiotes
L’importance physiopathologique de notre système digestif est à ce jour bien connue, ce qui en fait l’un des terrains de recherche les plus prometteurs pour les scientifiques.
Plusieurs méthodes permettent d’identifier les micro-organismes présents dans un microbiote spécifique, à partir de prélèvements réalisés in vivo.
Les techniques de séquençage à haut débit modernes permettent de cibler une zone du gène codant pour l’ARNr 16S et obtenir une « signature » bactérienne permettant de préciser les familles et les genres présents, ainsi que leurs concentrations.
Une caractérisation encore plus poussée (espèces) peut être réalisée, via par exemple des approches métagénomique ou métatranscriptomique, consistant à séquencer l’ensemble de l’ADN ou de l’ARN microbien du microbiote.
Études et sources :
- Inserm. Microbiote intestinal.
- Rémy Burcelin, Simon Nicolas et Vincent Blasco-Baque. Le microbiote : cet inconnu qui réside en nous. Med Sci (Paris), Volume 32, Number 11, Novembre 2016.
- S. Mishra, S. Jain, S. Taraphder, et al. New Horizons in Microbiota and Metabolic Health Research. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, dgaa769.
- FRM (Fondation pour la Recherche Médicale). Microbiote intestinal.
- Les fondamentaux de la pathologie digestive. CDU-HGE/Editions Elesevier-Masson – Octobre 2014.
