Comment diagnostiquer le SIBO et reconnaître ses symptômes ?

Troubles digestifs chroniques, fatigue inexpliquée, ventre gonflé..

Le SIBO ou Small Intestinal Bacterial Overgrowth est un déséquilibre bactérien de l’intestin grêle qui peut avoir un impact considérable sur la santé intestinale.
Bien qu’encore méconnu, le SIBO est de plus en plus reconnu par les professionnels de santé.

Un diagnostic précis ainsi qu’une prise en charge adaptée sont essentiels. Cet article permettra de mieux comprendre le SIBO, ses symptômes caractéristiques et l’importance de consulter un professionnel de santé formé à cette problématique.

Qu’est-ce que le SIBO ?

Le SIBO , acronyme de Small Intestinal Bacterial Overgrowth, désigne une prolifération excessive de bactéries dans l’intestin grêle. Cette partie de l’intestin, qui relie l’estomac au côlon, joue un rôle central dans l’absorption des nutriments. Contrairement au côlon, riche en flore bactérienne, l’intestin grêle contient normalement peu de bactéries. Lorsque cet équilibre est rompu, les bactéries se multiplient de manière anormale et entraînent divers troubles digestif

Cette colonisation inappropriée modifie le processus de digestion : les bactéries présentes fermentent prématurément les glucides, produisent des gaz (hydrogène, méthane) et génèrent des substances qui peuvent irriter la muqueuse intestinale1.

Résultats : des ballonnements, des douleurs abdominales, et une malabsorption de nutriments essentiels comme la vitamine B12, le fer ou les acides gras.

Le SIBO ne constitue pas une maladie isolée, mais bien le signe d’un déséquilibre intestinal global. Pour mieux comprendre les causes et les approches de traitement, la vidéo explicative du Docteur Christian Ledoux, fort de plus de 20 ans d’expérience en médecine nutritionnelle, offre un éclairage clair et accessible sur le sujet : Comment traiter le SIBO? . Un complément utile pour approfondir la réflexion sur cette problématique complexe.

Il peut être favorisé par :

  • Un ralentissement du transit intestinal, qui laisse plus de temps aux bactéries pour proliférer (constipation, troubles de la motilité) ;
  • des antécédents de chirurgie digestive, qui peuvent modifier l’anatomie du tube digestif ;
  • certaines pathologies chroniques comme le diabète, la sclérodermie ou la maladie cœliaque ;
  • ou encore un microbiote intestinal affaibli par des infections, une alimentation déséquilibrée, des traitements antibiotiques répétés ou un stress chronique2

Selon l’Inserm, le microbiote intestinal joue un rôle déterminant dans la digestion, le métabolisme et la régulation de l’immunité. Lorsqu’il est déséquilibré, il devient un facteur aggravant dans de nombreux troubles digestifs, dont le SIBO3.

Bien que longtemps sous-estimé, le SIBO suscite aujourd’hui un intérêt croissant de la part des professionnels de santé, notamment en gastro-entérologie et en nutrition fonctionnelle, en raison de son lien avec des symptômes chroniques souvent mal expliqués. C’est pourquoi un diagnostic rigoureux et une prise en charge personnalisée sont essentiels.

Quels sont les symptômes du SIBO ?

Les manifestations du SIBO varient d’une personne à l’autre, mais certains signes reviennent fréquemment. Voici les symptômes typiques à surveiller :

  • Ballonnements abdominaux importants, souvent après les repas2
  • Douleurs digestives ou crampes dans le bas-ventre2
  • Flatulences et éructations accrues4
  • Diarrhées chroniques, parfois alternées avec de la constipation4
  • Fatigue persistante liée à des carences nutritionnelles5
  • Perte de poids ou troubles de l’absorption (vitamine B12, fer…)5
  • Nausées ou inconforts postprandiaux2
  • Troubles cutanés ou humeur instable, parfois associés à une mauvaise santé intestinale6

Le SIBO est souvent confondu avec d’autres affections, notamment le syndrome de l’intestin irritable (SII). D’où l’importance d’un diagnostic précis.

Comment diagnostiquer le SIBO ?

Le test respiratoire à l’hydrogène et au méthane7 est actuellement la méthode de référence. Après ingestion d’une solution sucrée (généralement du glucose ou du lactulose), le patient souffle régulièrement dans un ballon.

Les gaz mesurés dans l’air expiré permettent de détecter une fermentation bactérienne excessive dans l’intestin grêle7. Ce test est non invasif, indolore, mais nécessite une préparation rigoureuse, notamment une diète spécifique les jours précédents et l’arrêt temporaire de certains médicaments.

Par ailleurs, certaines analyses biologiques peuvent compléter le diagnostic : dosages de vitamine B12, de folates, marqueurs inflammatoires ou bilans nutritionnels peuvent orienter vers une malabsorption compatible avec un SIBO. Ces éléments sont toujours à interpréter en lien avec le contexte clinique du patient.

Il est indispensable de consulter un professionnel de santé qualifié, comme un gastro-entérologue ou un nutritionniste formé aux troubles fonctionnels digestifs. Le diagnostic repose autant sur les examens que sur l’interrogatoire médical et l’analyse fine des antécédents digestifs.

test respiratoire à l'hydrogène

Pourquoi un diagnostic précis est essentiel ?

Le SIBO est une pathologie à part entière. En l’absence de diagnostic clair, le patient peut rester des années sans solution, confondant ses symptômes avec ceux d’une simple intolérance alimentaire ou d’un stress passager. Un diagnostic précis permet non seulement d’éviter les erreurs thérapeutiques, mais aussi de mieux cibler la prise en charge.

Ce trouble peut avoir des conséquences à long terme s’il n’est pas traité : carences, inflammation chronique, dénutrition, ou complications digestives. Il s’inscrit souvent dans un tableau plus global de déséquilibre intestinal, nécessitant une approche holistique.

Et ensuite ? Vers qui se tourner pour aller mieux ?

Une fois le diagnostic de SIBO posé, la prise en charge repose sur plusieurs axes : une alimentation adaptée, un traitement ciblé si besoin, et un accompagnement du microbiote intestinal. L’objectif est de rétablir l’équilibre digestif en douceur, tout en respectant les besoins de chaque organisme.

Certaines approches complémentaires s’appuient sur des ingrédients naturellement actifs reconnus dans la littérature scientifique pour leur rôle dans le maintien d’une flore intestinale saine et la régulation digestive. Parmi eux, on peut citer :

  • Les ferments lactiques, comme Lactobacillus plantarum8 ou Saccharomyces boulardii9, étudiés pour leur capacité à renforcer la barrière intestinale et moduler positivement le microbiote10;
  • Le magnésium liposomé, dont la forme encapsulée améliore la biodisponibilité et la tolérance digestive, est utile en cas de fatigue ou stress chronique souvent liés au déséquilibre intestinal11-12,
  • Les fibres spécifiques, telles que les fibres d’acacia ou les prébiotiques bien tolérés (comme le PHGG – Partially Hydrolyzed Guar Gum), qui favorisent une fermentation plus douce et soutiennent certaines souches bénéfiques13-14&-15-16
  • Certains composés phytoactifs, comme l’extrait de pépins de pamplemousse 17, l’origan ou le thym 18, utilisés dans des approches encadrées pour limiter la présence de bactéries opportunistes, toujours sous supervision médicale.

Ces ingrédients peuvent s’inscrire dans une stratégie globale visant à soutenir le confort digestif et la biodiversité intestinale, en complément d’un accompagnement médical adapté…

Afin de prévenir les déséquilibres ou les résistances bactériennes, toute approche, même naturelle, doit être personnalisée et approuvée par un professionnel de la santé.

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Références bibliographiques:

  1. Pimentel, M., Saad, R. J., Long, M. D., & Rao, S. S. C. (2020). ACG Clinical Guideline: Small Intestinal Bacterial Overgrowth. The American journal of gastroenterology, 115(2), 165–178. https://doi.org/10.14309/ajg.0000000000000501 
  2. Ghoshal, U. C., Shukla, R., & Ghoshal, U. (2017). Small Intestinal Bacterial Overgrowth and Irritable Bowel Syndrome: A Bridge between Functional Organic Dichotomy. Gut and liver, 11(2), 196–208. https://doi.org/10.5009/gnl16126
  3. Inserm. (2021). Microbiote intestinal (flore intestinale). https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
  4. Rezaie, A., Buresi, M., Lembo, A., Lin, H., McCallum, R., Rao, S., Schmulson, M., Valdovinos, M., Zakko, S., & Pimentel, M. (2017). Hydrogen and Methane-Based Breath Testing in Gastrointestinal Disorders: The North American Consensus. The American journal of gastroenterology, 112(5), 775–784. https://doi.org/10.1038/ajg.2017.46 
  5. DiBaise, J. K., Zhang, H., Crowell, M. D., Krajmalnik-Brown, R., Decker, G. A., & Rittmann, B. E. (2008). Gut microbiota and its possible relationship with obesity. Mayo Clinic proceedings, 83(4), 460–469. https://doi.org/10.4065/83.4.460 
  6. Rinninella, E., Raoul, P., Cintoni, M., Franceschi, F., Miggiano, G. A. D., Gasbarrini, A., & Mele, M. C. (2019). What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms, 7(1), 14. https://doi.org/10.3390/microorganisms7010014 
  7. Hammer, H. F., Fox, M. R., Keller, J., Salvatore, S., Basilisco, G., Hammer, J., Lopetuso, L., Benninga, M., Borrelli, O., Dumitrascu, D., Hauser, B., Herszenyi, L., Nakov, R., Pohl, D., Thapar, N., Sonyi, M., & European H2-CH4-breath test group (2022). European guideline on indications, performance, and clinical impact of hydrogen and methane breath tests in adult and pediatric patients: European Association for Gastroenterology, Endoscopy and Nutrition, European Society of Neurogastroenterology and Motility, and European Society for Paediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition consensus. United European gastroenterology journal, 10(1), 15–40. https://doi.org/10.1002/ueg2.12133 
  8. Mujagic, Z., de Vos, P., Boekschoten, M. V., Govers, C., Pieters, H. H., de Wit, N. J., Bron, P. A., Masclee, A. A., & Troost, F. J. (2017). The effects of Lactobacillus plantarum on small intestinal barrier function and mucosal gene transcription; a randomized double-blind placebo controlled trial. Scientific reports, 7, 40128. https://doi.org/10.1038/srep40128 
  9. Bustos Fernández, L. M., Man, F., & Lasa, J. S. (2023). Impact of Saccharomyces boulardii CNCM I-745 on Bacterial Overgrowth and Composition of Intestinal Microbiota in Diarrhea-Predominant Irritable Bowel Syndrome Patients: Results of a Randomized Pilot Study. Digestive diseases (Basel, Switzerland), 41(5), 798–809. https://doi.org/10.1159/000528954
  10. McFarland L. V. (2015). From yaks to yogurt: the history, development, and current use of probiotics. Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America, 60 Suppl 2, S85–S90. https://doi.org/10.1093/cid/civ054 
  11. de Baaij, J. H., Hoenderop, J. G., & Bindels, R. J. (2015). Magnesium in man: implications for health and disease. Physiological reviews, 95(1), 1–46. https://doi.org/10.1152/physrev.00012.2014 
  12. Tinsley, G. M., Harty, P. S., Stratton, M. T., Siedler, M. R., & Rodriguez, C. (2022). Liposomal Mineral Absorption: A Randomized Crossover Trial. Nutrients, 14(16), 3321. https://doi.org/10.3390/nu14163321 
  13. Furnari, M., Parodi, A., Gemignani, L., Giannini, E. G., Marenco, S., Savarino, E., Assandri, L., Fazio, V., Bonfanti, D., Inferrera, S., & Savarino, V. (2010). Clinical trial: the combination of rifaximin with partially hydrolysed guar gum is more effective than rifaximin alone in eradicating small intestinal bacterial overgrowth. Alimentary pharmacology & therapeutics, 32(8), 1000–1006. https://doi.org/10.1111/j.1365-2036.2010.04436.x 
  14. Slavin J. (2013). Fiber and prebiotics: mechanisms and health benefits. Nutrients, 5(4), 1417–1435. https://doi.org/10.3390/nu5041417
  15. JanssenDuijghuijsen, L., van den Belt, M., Rijnaarts, I., Vos, P., Guillemet, D., Witteman, B., & de Wit, N. (2024). Acacia fiber or probiotic supplements to relieve gastrointestinal complaints in patients with constipation-predominant IBS: a 4-week randomized double-blinded placebo-controlled intervention trial. European journal of nutrition, 63(5), 1983–1994. https://doi.org/10.1007/s00394-024-03398-8 
  16. JanssenDuijghuijsen, L., Belt, M. V. D., Rijnaarts, I., Vos, P., Guillemet, D., Witteman, B., & Wit, N. (2025). Correction to: Acacia fiber or probiotic supplements to relieve gastrointestinal complaints in patients with constipation-predominant IBS: a 4-week randomized double-blinded placebo-controlled intervention trial. European journal of nutrition, 64(3), 135. https://doi.org/10.1007/s00394-025-03586-0 
  17. Cvetnić, Z., & Vladimir-Knezević, S. (2004). Antimicrobial activity of grapefruit seed and pulp ethanolic extract. Acta pharmaceutica (Zagreb, Croatia), 54(3), 243–250. 
  18. GoodGut Nutrition. (2023). Using antimicrobial herbs to treat SIBO. Retrieved from https://www.goodgutnutrition.co/blogs/news/antimicrobial-herbs-treat-sibo